El paso del Duero, en un primer momento a pie vadeando el cauce por su escaso caudal y su división en brazos que dejan varias islas, mejoró al levantar un puente de obra con el típico perfil alomado, entre 1128 y 1140, con trece ojos de arcos apuntados, y unos vanos o aliviaderos sobre los tajamares centrales. Esta vía facilitaba el tránsito de personas, de mercancías, y ganados trashumantes de la cañada oriental soriana.
El concejo, bien organizado, dotado con recursos económicos y humanos, fue capaz de enviar milicias a combatir en las Navas de Tolosa, y de construir un poderoso cerco de murallas de notable altura que englobaba 7 de los 10 barrios medievales, construcción de una fábrica poderosísima, y un perímetro de cerca de 2 kilómetros.
La baja Edad media supone el punto de apogeo para Almazán, por su situación fronteriza. Se expone a invasiones o expediciones de saqueo de los reinos vecinos de Aragón y Navarra, pero por ello mismo es constante el paso de tropas, de la corte, de embajadores, prelados y gentes de postín. Para guarecer la zona, además de fortificaciones, la villa gozaba con la protección real, y la concesión de privilegios. También se consolida como un próspero núcleo urbano, dotado de amplio tejido social, y un cuadro completo de oficios y menestrales: agricultores, pastores, ganaderos, asalariados varios, mercaderes, artesanos, clero, físicos, escribanos, etc. Si las órdenes mendicantes son esencialmente urbanas, prueba del desarrollo que alcanzó el lugar, es el asentamiento de franciscanos (en sus ramas masculina y femenina), mercedarios, y premostratenses.
La confluencia en Almazán de dos grandes rutas naturales de caminos, que unían Castilla con Aragón por un lado, y Madrid y el Sur con Francia, por otro, determinó un claro sentido comercial, que se pondrá de manifiesto en sus ferias, y el asentamiento de una influyente colonia judía, de amplio poderío económico, que llegó a suponer cerca de la tercera parte de la población. La cañada oriental que atraviesa el caso urbano favoreció también el tráfico de mercancías.
En el siglo XIV toda la villa y tierra caen en el régimen señorial, al ser concedidas a una rama de la poderosa familia Mendoza, en 1395, permaneciendo así hasta la desvinculación de los señoríos del fin de Antiguo Régimen.
En 1496 los Reyes Católicos deciden establecer en Almazán la corte del primogénito, el príncipe Juan, para que se independice y aprenda las tareas de gobierno. A su imagen D. Antonio Hurtado de Mendoza, conde de Monteagudo y Señor de Almazán y de un amplio estado señorial, estableció aquí su capital, imitando en su vida doméstica los modos, usos, ceremonial y protocolos cortesanos.
